Jméno obce se odvozuje od majitele
Bernarta, jehož rodina je v souvislosti s obcí zmiňována v roce 1375. Patřila tehdy zřejmě, stejně jako dnes, k nedalekému
Borovsku, které se časem ovšem velmi změnilo.
Ve středověku zde stál hrad, který je zmiňován již v roce 1289. Obec se rozvíjela, měla svůj kostel, školu, spolky, po první světové válce zde žilo 225 obyvatel. S napuštěním vodní nádrže Želivka se však většina Borovska ocitla pod vodou. Dnes má osada 7 stálých obyvatel a správou náleží k Bernarticím.

Obec Bernartice zažila patrně největší rozkvět v 19. století, kdy byla na řece postavena parní pila a válcový mlýn, které jsou dnes také zatopeny. S rozvojem pracovních příležitostí došlo i k růstu počtu obyvatel, takže byla na počátku 20. století zřízena
škola. Předtím děti docházely do Dolních Kralovic. V roce 1921 získala škola i vlastní budovu.
Počátek 20. století znamenal i rozvoj spolků, v roce 1902 byl založen
hasičský sbor, který dbá v obci o požární bezpečnost, ale také o zábavu a kulturu. Proto se stal součástí hasičské zbrojnice i taneční sál.
Velké změny přinesla Bernarticím stavba vodní nádrže Želivka - Švihov, několik obcí či jejich částí se kterými byl po staletí spojen život obce bylo zatopeno. Bylo tedy nutné zvykat si na nové vazby. V Bernarticích byl zřízen
hřbitov, který nahradil zrušený, ze zatopených Dolních Kralovic.